Lims2Fims

Skripte für die automatische Übertragung von COI- und non-COI-Sequenzdaten aus Geneious (lims) in die DiversityWorkbench (fims).

MySQL-Datenbank

lims auf CUDA34

MSSQL-Datenbank

DWB auf lserver-dwb01

Gitlab

https://gitlab.leibniz-lib.de/wwalbaum/lims-2-fims-smns

Es müssen etliche SQL-Schemata, die im Repository liegen, in die Datenbanken eingespielt werden.
Aus Ordner fims2lims:
CABOL_FIMS.sql, CABOL_FIMS_tmp.sql und view-fims.sql in MySQL fims.
CollectionSpecimenRelation_suffix.sql in MSSQL.

Aus Ordner lims2fims_coi:
Alle Dateien der Reihe nach in MySQL lims.

Wenn es in Geneious nicht passiert ist, kann man den Plattenname bei den Einträgen die bereits auf „passed“ gesetzt wurden nachträglich über die Datenbank setzen.

UPDATE assembly
    INNER JOIN pcr
        ON assembly.workflow = pcr.workflow
    INNER JOIN plate
        ON pcr.plate = plate.id
    SET assembly.notes = CONCAT("P:", SUBSTRING_INDEX(plate.name, '_', -1))
WHERE
    assembly.progress = "passed";

Falls die Datumsangaben der PCR in assemlby_export_COI kaputt gehen:

UPDATE assembly_export_COI
    INNER JOIN assembly
        ON assembly.workflow  = assembly_export_COI.workflowId
    SET assembly_export_COI.pcrDate  = assembly.`date`