====== Lims2Fims ======

FIXME

Skripte für die automatische Übertragung von COI- und non-COI-Sequenzdaten aus Geneious (lims) in die DiversityWorkbench (fims).

===== Systeme =====

  ; MySQL-Datenbank : lims auf CUDA34
  ; MSSQL-Datenbank : [[server:dwb|DWB auf lserver-dwb01]]
  ; Gitlab : https://gitlab.leibniz-lib.de/wwalbaum/lims-2-fims-smns

===== Generelles =====

Es müssen etliche SQL-Schemata, die im Repository liegen, in die Datenbanken eingespielt werden.\\
Aus Ordner fims2lims:\\
CABOL_FIMS.sql, CABOL_FIMS_tmp.sql und view-fims.sql in MySQL fims.\\
CollectionSpecimenRelation_suffix.sql in MSSQL.\\
\\
Aus Ordner lims2fims_coi:\\
Alle Dateien der Reihe nach in MySQL lims.\\
\\
===== Plattenname nachträglich setzen =====

Wenn es in Geneious nicht passiert ist, kann man den Plattenname bei den Einträgen die bereits auf "passed" gesetzt wurden nachträglich über die Datenbank setzen.
<code>
UPDATE assembly
    INNER JOIN pcr
        ON assembly.workflow = pcr.workflow
    INNER JOIN plate
        ON pcr.plate = plate.id
    SET assembly.notes = CONCAT("P:", SUBSTRING_INDEX(plate.name, '_', -1))
WHERE
    assembly.progress = "passed";
</code>

===== Datumsangaben von assembly holen =====

Falls die Datumsangaben der PCR in assemlby_export_COI kaputt gehen:

<code>
UPDATE assembly_export_COI
    INNER JOIN assembly
        ON assembly.workflow  = assembly_export_COI.workflowId
    SET assembly_export_COI.pcrDate  = assembly.`date`
</code>